Sequenzierung von SARS-CoV-2 Genomen

Betr. Coronavirus-Surveillanceverordnung

Die am 19.01.2021 in Kraft getretene Coronavirus-Surveillanceverordnung – CoronaSurV verpflichtet nach § 23 Absatz 3 Satz 1 des Infektionsschutzgesetzes Laboratorien und Einrichtungen, die Untersuchungsmaterial und Isolate von Krankheitserregern in Bezug auf das Corona Virus SARS-CoV-2 untersuchen und in diesem Rahmen eine Vollgenomsequenzierung dieses Erregers vornehmen, die erhobenen Sequenzdaten das Robert Koch-Institut zum Zwecke der Krankheitserregersurveillance zu übermitteln.

Für die Übermittlung der Genomsequenzen haben die sequenzierenden Laboratorien und Einrichtungen einen Anspruch auf eine Vergütung in Höhe von 220 € pro Datenübermittlung.

Bei mehr als 70.000 Neuinfektionen innerhalb der jeweils vorausgegangenen Woche können 5% der positiv getesteten Proben sequenziert und eingesendet werden. Bei weniger als 70.000 Neuinfektionen innerhalb der jeweils vorausgegangenen Woche erhöht sich der Anteil auf 10% der positiv getesteten Proben.

Einrichtungen und Laboratorien, die eine SARS-CoV-2 Diagnostik durchführen, jedoch selbst keine Genomsequenzierung vornehmen, können einen bestimmten Anteil der positiv auf SARS-CoV-2 getesteten Proben in andere Laboratorien und Einrichtungen zur Durchführung der Sequenzierung einschicken. In diesem Fall werden Versandkosten erstattet.

Mehr als 1500 SARS-CoV-2 Genome sequenziert (März 2021)

Als Experten für Hochdurchsatzsequenzierung haben wir bereits im April 2020 mehrere Genome des Sars-CoV-2 Virus sequenziert und analysiert (Toptan et al. 2020), und aktuell bereits  > 1500 SARS-CoV-2 Genome sequenziert.

Dank einer gut funktionierenden Probenvorbereitung und Datenanalyse können wir pro Tag bis zu 400 Sars-CoV-2 Genome analysieren. Hierzu benötigen wir lediglich die isolierte RNA positiver Patienten.

Ablauf der Analyse

Die RNA des Virus von positiv getesteten Patienten wird umgeschrieben in DNA und mittels PCR vermehrt. Hiernach wird die DNA für die Sequenzierung aufbereitet und mittels Hochdurchsatzsequenzierung (“Next Generation Sequencing”) in hoher Abdeckung sequenziert.

Die Daten werden dann dem RKI übermittelt.

Die Sequenzen werden verglichen mit Referenzsequenzen einer Datenbank und Unterschiede werden ermittelt. Bekannte Varianten wie die neue Englische Corona Variante (B.1.1.7) oder die Südafrikansche Variante (B.1.3.5.1 / 501Y.V2) werden erfassst und auch neue Varianten können schnell gefunden werden.

Vorteil unseres Rely Puffers für die SARS-CoV-2 Genomsequenzierung

Die Aufnahme des Virus in unseren Rely Puffer anstelle von Viralem Transfer Medium, PBS oder Wasser, schützt die RNA vor Degradation für viele Wochen – und zusätzlich den Anwender vor einer Infektion, da die Virushülle durch den Puffer zerstört wird. Sollte keine RNA mehr übrig sein nach der qPCR, kann somit auf die Originalprobe zurückgegriffen, und hochwertige RNA gewonnen werden. 

Kontakt

Gerne stehen wir für eine Zusammenarbeit mit Diagnoselaboren oder Forschungsinstituten zu Verfügung. Bei Interesse schreiben Sie uns bitte eine E-mail (info@genxpro.de), telefonisch können Sie uns unter der  (069) 95739710 erreichen.

Referenz

Optimized qRT-PCR approach for the detection of intra- and extra-cellular SARS-CoV-2 RNAs Tuna Toptan, Sebastian Hoehl, Sandra Westhaus, Denisa Bojkova, Annemarie Berger, Björn Rotter, Klaus Hoffmeier, Sandra Ciesek,  Marek Widera;

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